AZ AFRIKAI HARCSA GENOM VIZSGÁLATÁNAK ÚJABB EREDMÉNYEI

Kovács Balázs1, Barta Endre2, Guti Csaba1, Pongor Lőrinc3, Uri Csilla1, Keszte Szilvia1, Kánainé S. Dóra1, Balogh Réka1, Patócs Attila3, Müller Tamás1, Orbán László4, Urbányi Béla1

1Szent István Egyetem, Mezőgazdaság- és Környezettudományi Kar, Akvakultúra és Környezetbiztonsági Intézet, Halgazdálkodási Tanszék, Gödöllő
2
NAIK Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, Mezőgazdasági Genomika és Bioinformatika Csoport, Gödöllő
3
MTA-SE Molekuláris Medicina Kutatócsoport, Semmelweis Egyetem, Budapest
4Reproductive Genomics Group, Temasek Life Sciences Laboratory, Singapore

Kivonat

A molekuláris genetika fejlődésével egyre több lehetőség és módszer kínálkozik halfajaink genomjának megismerésére. Figyelembe véve, hogy legfontosabb halfajunk, a ponty genomja már ismert, mi a hazánkban egyre nagyobb jelentőséggel bíró afrikai harcsa (Clarias gariepinus) genom-szekvenciájának de novo meghatározását tűztük ki célul. Ez a faj gazdasági jelentősége mellett (a második legnagyobb mennyiségben előállított faj hazánkban) tudományos (endokrinológiai és ivardeterminációs) szempontból is érdekes.

A kutatási program egyik célja, hogy feltárjuk az afrikai harcsa teljes genomját és minél több információt biztosítsunk a faj genetikai alapú nemesítéséhez.

Korábbi vizsgálatainkhoz hasonlóan a szekvenáláshoz szükséges genetikai könyvtárakat egyetlen diploid hím egyed DNS-éből hoztuk létre. A vizsgálatok során a korábbi „Paired-end” (350bp) és “Mate-pair” (5000bp) genomi könyvtárak adatait egy újabb „Paired-end” (300bp) és egy “Mate-pair” (8500bp) szekvenálásával, valamint egy hím és egy nő ivari (agy és gonád) transzkriptóma szekvencia adataival egészítettük ki.

A teljes adatmennyiség mintegy 120-szorosa a teljes afrikai harcsa genomnak. A szekvenciák összeillesztését a nyíregyházi szuper számítógépen végeztük el Allpatsh-lg szoftverrel. Eddig a mitokondriális genomot teljes egészében, míg a sejtmagi genom több mint 85%-át tudtuk összeilleszteni (8783 scaffolds, 1,07Gbp, N50:848271). A már elérhető szekvencia adatok alapján lehetőség van új genetikai markerek azonosítására, gének szekvenciájának meghatározására és ezáltal olyan genetikai alapú szelekciós programok indítására, amelyek generációról generációra jelentősen növelhetik a termelőképességet és akár új vonalak, fajták kialakulásához vezethetnek.

 

A kutatást az OTKA 105393 azonosító számú pályázata támogatja.

Programajánló

Jelenleg nincs aktuális esemény.