MAGYARORSZÁGI RANAVÍRUS IZOLÁTUMOK GENETIKAI DIVERZTÁSÁNAK VIZSGÁTA
Farkas Szilvia1, Doszpoly Andor1, Borzák Réka1, Bányai Krisztián1, Juhász Tamás2
1MTA, Agrártudományi Kutatóközpont, Állatorvos-tudományi Intézet, Budapest
2Nemzeti Élelmiszer-biztonsági Hivatal, Állategészségügyi Diagnosztikai Igazgatóság, Budapest
Kivonat
Az Iridoviridae családon belül a Ranavirus nemzetség jelenleg ismert tagjai alacsonyabb rendű gerincesek, halak, hüllők és kétéltűek kiemelkedő fontosságú, gyakran akut, szisztémás megbetegedést és tömeges elhullást okozó vírusai közé tartoznak. Törpeharcsákban (Ameiurus nebulosus) a betegség gyakran igen súlyos formában jelentkezik, kórbonctani/kórszövettani vizsgálattal a vesékben és a lépben elhalások, a kopoltyúkban, a bőrben valamint a belső szervekben vérzések figyelhetők meg.
Ranavírus fertőzöttséget már több alkalommal igazoltuk hazai mintákban vírusizolálással, valamint vírus specifikus diagnosztikai PCR-rel törpeharcsák vérzéses szindrómájával és fokozott elhullásával kapcsolatban. A Magyarországon cirkuláló törzsek tanulmányozása, pontos azonosítása céljából két izolátum (13051/2012 és 14612/2012) teljes genom szekvenciájának meghatározását tűztük ki célul. A vírusokat EPC és BF-2 permanens sejtvonalakon szaporítottuk el, majd a sejttenyészet fagyasztása és felolvasztása után, a sejtekből kiszabaduló vírus részecskéket PEG 6000 oldat segítségével koncentráltuk. A vírus DNS tisztítását követően a mintát előkészítettük újgenerációs szekvenálásra. A szekvenálást 316 csip segitségével végeztük Ion Torrent újgenerációs szekvenáló berendezéssel (Ion Personal Genome Machine_ [PGMTM], Life Technologies). A kapott adatokat CLC Bio szoftverrel dolgoztuk fel (http://www.clcbio.com).
A nukleotid szekvenciák elemzése során 99,7 és 99,9 % azonosságot állapítottunk meg az általunk vizsgált törzsek és a GénBankban elérhető Európai törpeharcsa vírusa (ECV; JQ724856) között. Sikerült azonosítanunk valamennyi az ECV-ben is megtalálható ORF-et. A genom szekvenciák között a legnagyobb fokú variabilitást a neurofilament triplet H1-szerű fehérjét kódoló szakaszán figyelhettünk meg, mely lehetővé teszi a vírusok azonosítását egyazon vírus fajon belül, a rokonsági viszonyok megállapítását, valamint járványtani nyomkövetését.
Támogatás: KTIA-AIK-12-1-2013-0017. sz. szerződés, Lendület program, valamint PD104315 OTKA pályázat.
Programajánló
Jelenleg nincs aktuális esemény.
Hírek
2021. január 29., péntek, 16:22
Tisztelt Látogatók!
A hazai agrár-felsőoktatás szükséges megújulásának mérföldköve az alapítványi fenntartású Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem (MATE) létrejötte, amely 2021. február 1-től 5 campuson, több mint 13 ezer hallgató számára fogja össze a dunántúli és közép-magyarországi élettudományi és kapcsolódó képzéseket. Az intézményhez csatlakozik a Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ (NAIK) 11 kutatóintézete is, így az új intézmény nem csupán egy oktatási intézmény lesz, hanem az ágazat szellemi, szakpolitikai és innovációs központjává válik, amely nagyobb mozgásteret biztosít a képzések, a gazdálkodás és szervezet modernizálásához, fejlesztéséhez. Az összeolvadással magasabb fokozatra kapcsolunk, a kutatói és egyetemi szféra szorosabban fonódik majd össze, aminek következtében még több érdekes, izgalmas kutatás-fejlesztés születhet majd az agrárium területén.
Kérjük, kövesse tevékenységünket a jövőben is a www.uni-mate.hu honlapon!
2020. október 6., kedd, 08:34
A szokásostól eltérően az idei évben ősszel, október 03-04 között került megrendezésre az Ultrabalaton csapatversenye. NAIK-os csapat az idei évben állt először rajthoz a 14. alkalommal kiírt versenyen.