Az előadás anyaga Afrikai harcsa genom projekt
Kovács Balázs1, Barta Endre2, Pongor Lőrinc3, Uri Csilla1, Keszte Szilvia1, Patócs Attila3, Müller Tamás1, Orbán László4, Urbányi Béla1
1Szent István Egyetem, Mezőgazdaság- és Környezettudományi Kar, Akvakultúra és Környezetbiztonsági Intézet, Halgazdálkodási Tanszék, Gödöllő
2NAIK Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, MezőgazdaságiGenomika és Bioinformatika Csoport, Gödöllő
3MTA-SE Molekuláris Medicina Kutatócsoport, Semmelweis Egyetem, Budapest
4Reproductive Genomics Group, Temasek Life Sciences Laboratory, Singapore
Kivonat
A molekuláris genetika fejlődésével egyre több lehetőség és módszer kínálkozik halfajaink genomjának megismerésére. Figyelembe véve, hogy legfontosabb halfajunk a ponty genomja már ismert, mi a hazánkban egyre nagyobb jelentőséggel bíró afrikai harcsa (Clarias gariepinus) genom-szekvenciájának De Novo meghatározását tűztük ki célul. Ez a faj gazdasági jelentősége mellet (a második legnagyobb mennyiségben előállított faj hazánkban) tudományos (aendokrinológiai és ivardeterminációs) szempontból is érdekes.
A kutatási program egyik célja, hogy az ivart meghatározó gének azonosítása mellett, minél több információt biztosítson a faj genetikai alapú nemesítéséhez.
A szekvenáláshoz szükséges genetikai könyvtárakat egyetlen diploid hím egyed DNS-éből hoztuk létre. A vizsgálatok során egy „Paired-end” és egy “Mate-pair” genomi könyvtárból összesen 711 millió DNS fragment szekvencia (71 milliárd nukleotid) meghatározása történt meg Illumina HiSeq 2000 készülékkel. Ez az adat mennyiség mintegy hatvanszorosa a teljes afrikai harcsa genomnak. A szekvenciák összeillesztését a pécsi szuper számítógépen végeztük el három különböző (SOAPdenovo, Minia és Allpaths-lg) szoftver segítségével. A legjobb eredményt az Alpatsh-lg segítségével értük el. Eddig a mitokondriális genomot teljes egészében, míg a sejtmagi genom több mint 70%-át tudtuk összeilleszteni (1276 scaffolds, 0,94Gbp, N50:600219). A gének, illetve a genom hiányzó részeinek meghatározása folyamatban van, ehhez újabb genomi és expressziós könyvtárak szekvenálását tervezzük.
A már elérhető szekvencia adatok alapján lehetőség van új genetikai markerek azonosítására, gének szekvenciájának meghatározására és ezáltal olyan genetikai alapú szelekciós programok indítására, amelyek generációról generációra jelentősen növelhetik a termelőképességet és akár új vonalak, fajták kialakulásához vezethetnek.
A kutatást az OTKA 105393 és a Nemzeti Kiválóság Program 8526-5/2014/TUDPOL azonosító számú pályázata támogatja.
Programajánló
Jelenleg nincs aktuális esemény.
Hírek
2021. január 29., péntek, 16:22
Tisztelt Látogatók!
A hazai agrár-felsőoktatás szükséges megújulásának mérföldköve az alapítványi fenntartású Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem (MATE) létrejötte, amely 2021. február 1-től 5 campuson, több mint 13 ezer hallgató számára fogja össze a dunántúli és közép-magyarországi élettudományi és kapcsolódó képzéseket. Az intézményhez csatlakozik a Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ (NAIK) 11 kutatóintézete is, így az új intézmény nem csupán egy oktatási intézmény lesz, hanem az ágazat szellemi, szakpolitikai és innovációs központjává válik, amely nagyobb mozgásteret biztosít a képzések, a gazdálkodás és szervezet modernizálásához, fejlesztéséhez. Az összeolvadással magasabb fokozatra kapcsolunk, a kutatói és egyetemi szféra szorosabban fonódik majd össze, aminek következtében még több érdekes, izgalmas kutatás-fejlesztés születhet majd az agrárium területén.
Kérjük, kövesse tevékenységünket a jövőben is a www.uni-mate.hu honlapon!
2020. október 6., kedd, 08:34
A szokásostól eltérően az idei évben ősszel, október 03-04 között került megrendezésre az Ultrabalaton csapatversenye. NAIK-os csapat az idei évben állt először rajthoz a 14. alkalommal kiírt versenyen.
