ÚJ MULTIPLEX MIKROSZATELLIT PCR SzetT KIDOLGOZÁSA A PONTY (CYPRINUS CARPIO) FAJ HATÉKONYABB GENETIKAI VIZSGÁLATÁHOZ
Balogh Réka, Guti Csaba, Kánainé Sipos Dóra, Keszte Szilvia, Urbányi Béla, Kovács Balázs
Szent István Egyetem, Mezőgazdaság- és Környezettudományi Kar, Akvakultúra- és Környezetbiztonsági Intézet, Halgazdálkodási Tanszék, Gödöllő
Kivonat
A multiplex PCR reakció lehetővé teszi több DNS régió egyidejű felsokszorozását. A technika jelentősen lecsökkenti a költségeket és az elemzéshez szükséges időt, habár optimalizálása nagyobb kihívást jelent. Kutatásunk során egy 9 mikroszatellitből álló multiplex reakciót hoztunk létre, mely ponty populációk gyors genetikai elemzését teszi lehetővé.
Munkánkat a teljes ponty genom bioinformatikai analízisével kezdtük.
A marker keresés a GMATA (Genome-wide Microsatellite Analyzing Tool Package) szoftver segítségével történt, mely egyszerű szekvencia ismétlődéseket (SSR, simple sequence repeats) detektál genomi szinten. 64000 tetranukleotid mikroszatellit markert találtunk a teljes ponty genomban, melynek nagyságrendileg a fele található kromoszómákra térképezve, a többi pontos genomi pozíciója nem ismert. A szoftver segítségével megterveztük a primereket a mikroszatelliteket határoló egyedi szekvenciákra.
FastPCR program segítségével 94-re csökkentettük a vizsgálandó mikroszatellitek számát a primer-dimer képződés és az olvadási hőmérséklet alapján. Ezek specificitását BLAST programmal ellenőriztük. Végül a 77 legjobbnak mutatkozó primer párt a Multiplex Manager szoftver segítségével elemeztük tovább. Egy 20 párból álló multiplexet hoztunk létre, amelyben a termék hossza 99 bázispártól 396 bázispárig terjed és minden marker különböző kromoszómán található.
A primer párok gyakorlati tesztelése először egyesével történt meg, majd ellenőriztük mindegyik marker polimorfizmusát fragmentanalízis segítségével.
A megfelelő mérettartományú, hasonló olvadási ponttal rendelkező, polimorf markerekből eddig 9-et felhasználva egy 4 és egy 5 markerből álló multiplex PCR reakciót hoztunk létre. A tetra-, illetve pentaplexet kétféle fluoreszcens festékkel jelöltük, melyek a fragmentanalízis során egyszerre vizsgálhatók. A fennmaradó markerek további szettekbe rendezése folyamatban van.
Munkánkat a GINOP-2.3.2-15-2016-00004 és az EFOP-3.6.3-VEKOP-16-2017-00008 számú projekt támogatta. A projekt az Európai Unió támogatásával, az Európai Szociális Alap társfinanszírozásával valósult meg.
Programajánló
Jelenleg nincs aktuális esemény.
Hírek
2021. január 29., péntek, 16:22
Tisztelt Látogatók!
A hazai agrár-felsőoktatás szükséges megújulásának mérföldköve az alapítványi fenntartású Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem (MATE) létrejötte, amely 2021. február 1-től 5 campuson, több mint 13 ezer hallgató számára fogja össze a dunántúli és közép-magyarországi élettudományi és kapcsolódó képzéseket. Az intézményhez csatlakozik a Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ (NAIK) 11 kutatóintézete is, így az új intézmény nem csupán egy oktatási intézmény lesz, hanem az ágazat szellemi, szakpolitikai és innovációs központjává válik, amely nagyobb mozgásteret biztosít a képzések, a gazdálkodás és szervezet modernizálásához, fejlesztéséhez. Az összeolvadással magasabb fokozatra kapcsolunk, a kutatói és egyetemi szféra szorosabban fonódik majd össze, aminek következtében még több érdekes, izgalmas kutatás-fejlesztés születhet majd az agrárium területén.
Kérjük, kövesse tevékenységünket a jövőben is a www.uni-mate.hu honlapon!
2020. október 6., kedd, 08:34
A szokásostól eltérően az idei évben ősszel, október 03-04 között került megrendezésre az Ultrabalaton csapatversenye. NAIK-os csapat az idei évben állt először rajthoz a 14. alkalommal kiírt versenyen.