AZ AFRIKAI HARCSA MITOKONDRIÁLIS GENOMJA
Kovács Balázs1, Barta Endre2, Pongor Lőrinc3, Uri Csilla1, Keszte Szilvia1, Patócs Attila3, Guti Csaba1, Müller Tamás1, Orbán László4, Urbányi Béla1
1Szent István Egyetem, Mezőgazdaság- és Környezettudományi Kar, Akvakultúra és Környezetbiztonsági Intézet, Halgazdálkodási Tanszék, Gödöllő
2NAIK Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, MezőgazdaságiGenomika és Bioinformatika Csoport, Gödöllő
3MTA-SE Molekuláris Medicina Kutatócsoport, Semmelweis Egyetem, Budapest
4Reproductive Genomics Group, Temasek Life Sciences Laboratory, Singapore
Kivonat
A molekuláris genetika fejlődésével egyre több lehetőség és módszer kínálkozik halfajaink genetikai hátterének megismerésére, ennek ellenére néhány gazdaságilag jelentős halfajról csak kevés genetikai információval rendelkezünk. Ezek közé tartozik a hazánkban egyre nagyobb jelentőséggel (a második legnagyobb mennyiségben előállított faj hazánkban) bíró afrikai harcsa (Clarias gariepinus) is. Emellett, tudományos (endokrinológiai és ivardeterminációs) szempontból is érdekes ez a faj. Genomjának De Novo meghatározása során az Európában tenyésztett vonal teljes mitokondriális genomjának jellemzését és annotálását is elvégeztük.
A szekvenálást Illumina HiSeq 2000 platformon végeztük. A cirkuláris mitokondriális genom teljes mérete 16505 bázispár hosszú, AT gazdag (57,3%) szekvencia. A teljes szekvencia 13 fehérje kódoló, 2 riboszómális RNS-t kódoló, 22 transzfer RNS-t kódoló gént és két nagyobb, nem kódoló szakaszt (az AT gazdag D-loop vagy kontroll régiót és a könnyű szál másolásának kiindulási helyét) hordoz. A Citokróm Oxidáz I (COX I) kivételével, valamennyi fehérje kódoló gén ATG transzkripciós starthelyet hordoz. A COX I GTG szekvenciával indul. A 13 protein kódoló gén stop kodonjai kötött TAG, TAA és Tterminátor is előfordul.
A már elérhető szekvencia adatok alapján lehetőség van új genetikai markerek azonosítására, evolúciós, filogenetikai és populációgenetikai kapcsolatok vizsgálatára és ezáltal olyan genetikai alapú szelekciós programok indítására, amelyek jelentősen segíthetik a tenyésztői munkát és akár új vonalak, fajták kialakulásához vezethetnek.
A kutatást az OTKA 105393 és a Kutatókari kiválósági Támogatás (9878-3/2016/FEKUT) pályázatai támogatták.
Programajánló
Jelenleg nincs aktuális esemény.
Hírek
2021. január 29., péntek, 16:22
Tisztelt Látogatók!
A hazai agrár-felsőoktatás szükséges megújulásának mérföldköve az alapítványi fenntartású Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem (MATE) létrejötte, amely 2021. február 1-től 5 campuson, több mint 13 ezer hallgató számára fogja össze a dunántúli és közép-magyarországi élettudományi és kapcsolódó képzéseket. Az intézményhez csatlakozik a Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ (NAIK) 11 kutatóintézete is, így az új intézmény nem csupán egy oktatási intézmény lesz, hanem az ágazat szellemi, szakpolitikai és innovációs központjává válik, amely nagyobb mozgásteret biztosít a képzések, a gazdálkodás és szervezet modernizálásához, fejlesztéséhez. Az összeolvadással magasabb fokozatra kapcsolunk, a kutatói és egyetemi szféra szorosabban fonódik majd össze, aminek következtében még több érdekes, izgalmas kutatás-fejlesztés születhet majd az agrárium területén.
Kérjük, kövesse tevékenységünket a jövőben is a www.uni-mate.hu honlapon!
2020. október 6., kedd, 08:34
A szokásostól eltérően az idei évben ősszel, október 03-04 között került megrendezésre az Ultrabalaton csapatversenye. NAIK-os csapat az idei évben állt először rajthoz a 14. alkalommal kiírt versenyen.